一般，初次使用氣相色譜儀的朋友對色譜柱不知怎樣合理配置氣相色譜柱，總希望氣相色譜柱越多越好，盲目購置許多柱子或固定液、擔體等，結果有許多閑置造成浪費。

一般準備幾個柱子就基本可以解決各類氣相色譜分析工作的要求，可優先選擇固定液分別為SE-30(或者OV-101)、OV-17、PEG-20M、DEGS、FFAP的柱子各一個。對于填充柱，擔體可選白色擔體、紅色擔體(包括未酸洗、酸洗、硅烷化)、GDX系列(或者Porapak系列)三種，基本可以解決工作中絕大部分項目。

對柱子長短的選擇：由于分辨率與柱長的平方根成正比。柱子長，則提高分辨率。一般來說：15m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于快速成分掃描分析;30m的色譜柱是zui常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成;50m、60m或更長的氣相色譜柱/氣象色譜柱用于分離比較復雜的樣品。

對于口徑的選擇：柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。

0.25mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。

0.32mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。

0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時(如痕量分析)，選擇大口徑毛細管柱較為合適。專家認為，對于普通用戶，可選30米或50米長的毛細管，口徑選0.32mm較為便利。